Tiền thân Nutifood là cơ sở Dinh dưỡng Đồng Tâm ra đời năm 1999. Năm 2013, sau khi sở hữu cổ phần kiểm soát, ông Trần Thanh Hải trở thành chủ tịch hội đồng quản trị Nutifood, và vợ, bà Trần Thị Lệ trở thành tổng giám đốc. Trong kinh doanh, ông Hải giữ định hướng chiến lược, ưa thích sự kín tiếng, lui ở phía sau, trong khi đó bà Lệ ngoài các hoạt động điều hành, ưa thích nghiên cứu phát triển sản phẩm mới và đại diện cho bộ mặt Nutifood xuất hiện ở các sự kiện bên ngoài.
Hiện tại, Nutifood là công ty sữa đứng thứ ba trên thị trường xét theo quy mô doanh thu, sau Vinamilk và TH Milk. Năm năm gần nhất ghi nhận dấu ấn của Nutifood với các thương vụ M&A. Ở trong nước, năm 2018, Nutifood bước vào ngành cà phê sau khi kiểm soát công ty Phước An, sở hữu hàng ngàn héc ta cà phê tại Krông Păk, Đắk Lắk. Năm 2021, Nutifood hướng tới việc phát triển các sản phẩm thảo dược sau khi đầu tư vào công ty Sâm Ngọc Linh Quảng Nam (Quasapharco). Năm 2022, Nutifood tiếp tục hợp tác với vườn quốc gia Núi Chúa để bảo tồn và phát triển nguồn tài nguyên cây dược liệu…
Với thị trường nước ngoài, năm 2018 Nutifood lập liên doanh với tập đoàn Asahi (Nhật), đưa sản phẩm dinh dưỡng cho trẻ của Asahi vào thị trường Việt Nam. Cùng năm, Nutifood thâm nhập thị trường Thụy Điển với nhà máy Nutifood Sweden AB – liên doanh Nutifood sở hữu 50% và sau đó kiểm soát 100% vốn. Năm 2022, Nutifood tiếp tục đầu tư chi phối 51% Cawells của Thụy Điển – công ty đang sở hữu các dòng sản phẩm chủ đạo về vitamin và khoáng chất, hiện diện ở thị trường Việt Nam, Ấn Độ, Trung Quốc và Trung Đông, theo đó thêm vào danh mục 120 loại thực phẩm bổ sung và dinh dưỡng Cawells.
Nutifood vận hành sáu nhà máy trong nước, một nhà máy ở Thụy Điển, hai trung tâm nghiên cứu dinh dưỡng và trang trại bò sữa NutiMilk hơn 1.000 héc ta tại Gia Lai với đàn bò sữa hơn 10 ngàn con, vận hành nông trại 1.400 héc ta cà phê CADA đạt chứng nhận về phát triển bền vững và truy xuất nguồn gốc cà phê sạch (UTZ).